Prof. Pretschner studierte Informatik an der RWTH Aachen und anschließend mit einem Fulbright-Stipendium an der University of Kansas.

Nach der Promotion an der TU München arbeitete er als Oberassistent an der ETH Zürich, bis er im Rahmen des Fraunhofer-Attract-Programms als Gruppenleiter an das Fraunhofer-Institut für Experimentelles Software Engineering sowie gleichzeitig als adjungierter Extraordinarius an die TU Kaiserslautern wechselte. Vor seiner Berufung an die Technische Universität München 2012 war er Ordinarius am Karlsruher Institut für Technologie.

Prof. Pretschners Forschungsgebiet ist das Software und Systems Engineering mit Spezialisierungen im Testen und der Informationssicherheit.  

Prof. Pretschner leitet seit 2018 als Gründungsdirektor das Bayerische Forschungsinstitut für Digitale Transformation (bidt).

Seit 2016 ist er Wissenschaftlicher Direktor und seit 2019 Sprecher des Wissenschaftlichen Direktoriums von fortiss.