Die Forschungsaktivitäten von Prof. Baumgarten konzentrierten sich auf mobile verteilte Systeme, insbesondere auf Betriebssysteme für eingebettete, mobile und webgestützte Anwendungen. Ein weiterer Schwerpunkt lag auf der drahtlosen Kommunikation zwischen Rechensystemen und der Qualität der darauf basierenden Dienste.

Nach seinem Informatikstudium und der Promotion an der Universität Bonn habilitierte sich Prof. Baumgarten in Oldenburg und wurde 1995 als Professor für Informatik an die TUM berufen. Neben seiner Forschung engagierte er sich intensiv für die Lehre und die Verbesserung der Studienbedingungen. So übernahm er das Amt des ersten Studiendekans der Informatik und setzte sich nachhaltig für die Umsetzung des Bologna-Prozesses ein. Darüber hinaus war er ab dem Sommersemester 2010 Datenschutzbeauftragter der TUM und über viele Jahre im Aufsichtsrat der Miray Software AG tätig. Seit 2021 befindet sich Prof. Baumgarten im Ruhestand.

Seit dem Sommersemester 2010 ist Prof. Baumgarten Datenschutzbeauftragter der Technischen Universität München (TUM). Zudem ist er seit mehreren Jahren im Aufsichtsrat der Miray Software AG.

Prof. Baumgarten ist seit Oktober 2016 Research Fellow bei fortiss. Er unterstützt vorrangig die Bereiche Architectures and Services for Critical Infrastructures und Model-based Systems Engineering bei einzelnen Themenstellungen.